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IDT腫瘤突變負(fù)荷(TMB)解決方案
——NGS二代測序基因檢測



北京澤平代理的美國進(jìn)口IDT NGS二代測序產(chǎn)品,通過文庫構(gòu)建試劑盒、基因檢測Panel、定制化雜交捕獲探針組等高品質(zhì)試劑,助力腫瘤突變負(fù)荷(TMB)實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)研究。


一、背景介紹

腫瘤突變負(fù)荷(tumor mutational burden, TMB)一般指特定基因組區(qū)域內(nèi)每兆堿基對(Mb)體細(xì)胞非同義突變的個數(shù),可以間接反映腫瘤產(chǎn)生新抗原的能力和程度,已被證實(shí)可預(yù)測多種腫瘤的免疫治療效果。近年來,越來越多的數(shù)據(jù)證實(shí)TMB越高的腫瘤,新抗原負(fù)荷越高,更有可能從免疫檢查點(diǎn)抑制劑(immune checkpoint inhibitors, ICls)治療中獲益。

目前檢測TMB的方法主要為基于二代測序技術(shù)(NGS)的全外顯子組測序(WES)和定制靶向Panel測序。WES可檢測整個外顯子中的體細(xì)胞突變,提供腫瘤突變的圖譜,因此,WES也被認(rèn)為是TMB檢測的"金標(biāo)準(zhǔn)”。同時,采用靶向Panel進(jìn)行腫瘤基因組學(xué)分析已成為TMB檢測的另一種重要手段。研究人員可以根據(jù)前沿進(jìn)展及臨床需求,開發(fā)針對腫瘤基因的產(chǎn)品,結(jié)合生物信息學(xué)算法快速高效地檢測腫瘤靶基因組改變。

IDT腫瘤突變負(fù)荷TMB解決方案NGS二代測序基因檢測 代理商北京澤平

 

 
二、IDT NGS二代測序解決方案

1、IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備試劑盒——建立高質(zhì)量文庫

IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備試劑盒,能夠?qū)ξ⒘緿NA樣本進(jìn)行靈敏且準(zhǔn)確的變異檢測。通過兩步連接法,可獲得理想的文庫轉(zhuǎn)化率,同時抑制接頭二聚體的形成。在單鏈連接的過程中可引入特異性的分子標(biāo)簽(UMI)序列,以適配多種去重和錯誤校正的方法。用低質(zhì)量樣本建立高質(zhì)量文庫,助力TMB檢測。

IDT文庫制備試劑盒優(yōu)勢

①為困難樣本量身打造,更大化數(shù)據(jù)輸出;

②提升樣本轉(zhuǎn)化率,達(dá)到更高的文庫復(fù)雜度;

③結(jié)合UMI糾錯處理,實(shí)現(xiàn)低頻突變的檢測。
 
IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備試劑盒 代理商 北京澤平

圖. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備試劑盒可從不同質(zhì)量的FFPE樣本中獲得更高的文庫產(chǎn)量和文庫復(fù)雜度。使用25ng不同質(zhì)量的FFPE標(biāo)準(zhǔn)品按照IDT提供的標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行文庫制備,并用61kb的定制Panel進(jìn)行捕獲。

 


2、IDT xGen Exome Hyb Panel v2 全外顯子雜交捕獲探針組——高覆蓋度全外顯子組測序WES

IDT xGen Exome Hyb Panel v2 全外顯子組雜交捕獲探針組,由415,115條單獨(dú)合成且經(jīng)過質(zhì)檢的IDT xGen Custom Hyb Panel - Production 捕獲探針組成。全外顯子探針組跨越人類基因組的34Mb目標(biāo)區(qū)域(19,433個基因),并且覆蓋39Mb的探針空間(即由探針覆蓋的基因組區(qū)域))。IDT全外顯子探針使用新型“捕獲感知(capture-aware)”算法進(jìn)行設(shè)計(jì),并進(jìn)行了特殊的脫靶分析,以實(shí)現(xiàn)更完整的設(shè)計(jì)覆蓋度。IDT全外顯子探針組中的所有探針均嚴(yán)格按照ISO13485標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行生產(chǎn),每條探針均經(jīng)過質(zhì)譜法和雙定量檢驗(yàn),保證探針的質(zhì)量及在探針庫中的濃度,是穩(wěn)定可靠的高覆蓋度WES捕獲工具。

IDT外顯子探針一致的批次穩(wěn)定性,減少昂貴的重新驗(yàn)證 代理商北京澤平

圖. IDT外顯子探針一致的批次穩(wěn)定性,減少昂貴的重新驗(yàn)證。使用100ngDNA建庫,并對8個樣本進(jìn)行混合捕獲(8混))。兩名操作人員分別在不同日期和不同地點(diǎn)進(jìn)行捕獲。IDT埃德特的xGen Exome Hyb Panel v2 外顯子測序探針組的線性回歸線與預(yù)測的“完全”相關(guān)線高度接近,其中R2值為0.76。
 


IDT xGen Exome Hyb Panel v2 全外顯子探針組捕獲效率高 代理商北京澤平

圖. IDT xGen Exome Hyb Panel v2 全外顯子探針組在捕獲效率方面表現(xiàn)出色。根據(jù)IDT外顯子組探針捕獲實(shí)驗(yàn)方案,對文庫進(jìn)行捕獲和多重富集,獲得單樣本和12混(分別為IDT-1和IDT-12)捕獲的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。以Illumina NextSeq 測序儀高通量模式對2×100雙端reads進(jìn)行測序。用Picard按每個文庫5Gb確定中靶堿基(選定堿基百分比)。

 

 
3、IDT xGen Custom Hyb Panels - Production 探針庫——高性能捕獲探針

除WES測序外, TMB還可以通過定制化測序Panel進(jìn)行檢測,這些Panel需要使用質(zhì)量可靠的捕獲探針組。IDT xGen Custom Hyb Panels - Production 捕獲探針庫是帶有5'端生物素標(biāo)記的DNA探針,每一條探針均經(jīng)過單獨(dú)合成、單獨(dú)質(zhì)檢,可用于二代測序?qū)嶒?yàn)中目標(biāo)DNA序列富集。實(shí)驗(yàn)證明,與市場上其他通過微陣列合成的捕獲探針相比,IDT xGen Custom Hyb Panels - Production 捕獲探針的捕獲均一性更高,GC偏好性更小,能以更少的數(shù)據(jù)投入獲得更佳的測序深度。IDT xGen Custom Hyb Panels 探針庫采用模塊化合成制備和使用,既可以獨(dú)立使用,也可以用spike-in panel 的形式與現(xiàn)有的探針庫結(jié)合使用,具有非常高的靈活性。

IDT Custom Hyb Panels - Production 探針庫優(yōu)勢

①單獨(dú)合成、單獨(dú)質(zhì)控的探針,實(shí)現(xiàn)高效、均一的目標(biāo)序列富集;

②模塊化設(shè)計(jì),實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)、高效的定制和簡單輕松的目標(biāo)序列擴(kuò)充;

③嚴(yán)格質(zhì)控降低批次間差異。
 
IDT雜交捕獲探針庫高度均一的目標(biāo)區(qū)域覆蓋 代理商北京澤平

圖.使用IDT的探針庫實(shí)現(xiàn)高度均一的目標(biāo)區(qū)域覆蓋。針對標(biāo)準(zhǔn)品基因組DNA(Coriell)構(gòu)建文庫,使用IDT xGen Custom Hyb Panels -Production 探針庫進(jìn)行捕獲反應(yīng)(目標(biāo)區(qū)域?yàn)?8kb)。采用Illumina NextSeq 測序儀進(jìn)行測序,并對600K reads進(jìn)行生信分析。結(jié)果顯示,(A)單次測序的覆蓋均一度較高;(B)同一個探針庫的兩個不同批次,顯示出較高的一致性。

 
 

三、IDT TMB成功案例

IDT腫瘤突變負(fù)荷TMB成功案例 代理商北京澤平

中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院團(tuán)隊(duì)基于NGS Panel 檢測血液腫瘤突變負(fù)荷(bTMB),驗(yàn)證了bTMB作為非小細(xì)胞肺癌患者免疫治療的生物標(biāo)志物的可行性。該研究使用了IDT的定制化Panel和IDT xGen Exome Hyb Panel 進(jìn)行檢測。研究納入48例晚期非小細(xì)胞肺癌外周血及腫瘤組織配對標(biāo)本。NCC-GP150計(jì)算的bTMB與WES計(jì)算的TMB間的Spearman相關(guān)系數(shù)達(dá)到0.62;當(dāng)bTMB≥6時,約登指數(shù)達(dá)到最佳(0.59,敏感性88%,特異性71%)。

參考文獻(xiàn)

Zhijie Wang. Jianchun Duan, Shangli et al. Assessment of blood tumor mutational burden as a potential biomarker for immunotherapy in patients with non-small cell lung cancer with use of a next-generation sequencing cancer gene panel. JAMA Oncol. 2019;5(5):696-702.

  


四、IDT腫瘤突變負(fù)荷相關(guān)產(chǎn)品
 

產(chǎn)品名稱 規(guī)格 貨號
IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備試劑盒 16次 10006202
96次 10006203
IDT xGen Exome Hyb Panel v2 全外顯子雜交捕獲探針組 4次 10005151
16次 10005152
96次 10005153
IDT xGen Custom Hyb 探針庫 16次  
96次
定制

 


 


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